입안에 염증이 생겨 하얗게 괴사가 일어나 음식물을 삼킬 때나 말을 할 때도 통증을 느끼는 구내염, 1~2주가 지나면 자연스럽게 사라지기 때문에 그냥 피곤해서 그렇겠지 하고 넘어가는 경우가 많다. 하지만, 구내염도 원인이 각기 다를 수 있는데 가장 흔한 구내염은 재발성 아프타성 구내염과 같은 궤양성 구내염으로 입안에 상처가 발생해 세균감염이 일어나 발생할 수도 있고 피로가 쌓이거나 스트레스, 면역기능 저하나 영양소가 부족했을 경우에도 발생할 수 있다.

이런 궤양성 구내염은 반복적으로 발생하는 경향이 있으나 1~2주면 자연적으로 사라지므로 평상시 수분섭취를 잘하고 과도한 칫솔질 등으로 입안에 상처가 유발되는 것을 조심하고 비타민, 철분, 엽산 등 필수영양소 섭취를 잘 하면 예방이 가능하다. 또한 스트레스가 많으면 아드레날린 분비로 인해 입안이 마르면서 세균번식이 쉽게 되는 경향이 있으므로 평상시 스트레스 관리도 중요하다. 구내염에 가장 많이 걸리는(2014년 기준 88%차지) 6세 이하 영유아는 아직 면역력이 성인과 같지 않아 발생하는 것이므로 구강관리, 영양관리를 철저히 해주는 것이 좋다.

치료는 보통 구강을 청결히 하고 염증이 사라지기를 기다리면서 휴식을 취하는 것으로도 충분한데 통증이 심하면 연고를 바르거나 마취액을 구강에 뿌리기도 한다. 민간요법으로 꿀을 입안에 물고 있는 방법도 많이 쓴다.

하지만 이와 달리 질환으로 인해 발생하는 구내염은 치료법도 다르다. 베체트병과 같은 자가면역질환으로 인해 면역이 약해지면 반복적으로 구내염이 발생하기도 하고 헤르페스 바이러스에 감염이 되면서 궤양이 발생되기도 한다. 이런 경우 치료법은 일반적인 구내염과는 다른 원인 질환에 대한 치료를 선행하는 경우가 많다.

또한 칸디다균이라고 하는 곰팡이가 면역력 저하로 인해 이상증식하는 경우도 있는데 통증이 심한 일반적인 구내염과는 다르게 증상이 아예 없는 경우가 많고 칫솔질을 하면서 혀나 구강점막의 백색 막을 닦으면 출혈이 일어나기도 한다. 이럴 때는 곰팡이를 없애는 항진균제를 처방하는 경우가 많다.

하지만, 3주 정도가 지나도 없어지지 않는 궤양은 단순한 염증으로 보기 어렵기 때문에 조직검사를 받아보는 것이 좋다. 입안이 헐고 통증이 있는 등 증상은 일반적인 구내염과 비슷하지만 구강 내 점막에 지워지지 않는 백색 병소가 있는 백반증이 있으면서 혹이 만져지거나 입과 혀 전체에 통증이 있다면 암으로 진행될 수 있는 전암 병소이거나 또는 초기 구강암일 수도 있기 때문에 조직검사를 시행하여 정확한 감별을 해야 한다.