지난주 수요일부터 금요일까지 한국유전체학회 동계 심포지엄이 강원도 용평에서 개최되었습니다.  정리한다 정리한다 하면서 이제서야 대충 생각나는 대로 한번 간단히 정리해 봅니다. 다들 아시겠지만 NGS라는 테크놀로지가 점점 화두가 되면서 이제 유전체니 후성유전체니 NGS를 모르면 Nature Genetics 논문도 못 들여다보게 되었습니다. 뭐 그건 그렇고 우선 이번 학회는 다음의 몇 가지로 요약될 수 있습니다. 물론 이외에도 많은 세션에서 많은 내용들이 있었습니다.


1. 세션뿐만 아니라 교육이 포함 (EBI의 NGS 교육)
2. 학술적인 주제뿐만 아니라 KPGP (Korean Personal Genome Project)와 같은 연구에 있어서의 Open/Public에 대한 주제 발표
3. NGS라는 기술을 이용한 상업적인 사업 모델 (삼성 SDS)
4. 국가과학기술위원회 (국가유전체실무위원회)에서 유전체분야에 대한 중장기 계획을 그리는 자리를 마련
5. 그동안 유전체 분야에서 매번 다루어지던 GWAS는 소리 소문 없이 사라져 버리고 그 자리에 NGS라는 테크놀로지가 채움
6. 참여 기업들은 모두 NGS 테크놀로지와 분석에 대한 솔루션을 들고 나옴
7. 세션이나 교육 시간에 상당히 많은 사람들이 참여 <-매우 놀람 스키들도 안타시고 열심히 세션과 교육을 듣다니...


그럼 이상 위에서 언급한 내용중 좀 더 부가적인 설명이 필요한 몇몇 이슈에 대해서 좀 더 자세히 언급해 보도록 하겠습니다.


4. 국가위의 향후 유전체 분야의 중장기 투자 계획


1. 교육이 추가된 학회

예, NGS 분석에 대한 교육이었습니다. 아직까지 NGS 데이터를 다루는 연구실이나 기업이 그리 많지 않은 것으로 알고 있는데 모두들 NGS에 대해서 많은 것을 기대하는 듯 해보였습니다. 물론 교육에 참여하시는 분들은 자신의 연구에 어떻게 NGS 기술을 적용 할지에 대해 어느정도 생각하고 그에 따라 교육을 받으려고 오신건지는 모르겠지만 말입니다 (-.-;;)  암튼 이번 교육은 많은 학회분들의 NGS에 대한 니즈로 이루어졌다고 합니다. 한편으로는 교육을 하루 종일 진행하는 것에 대해서 어느 정도는 쉬려고 온 학회인데 교육까지 진행한다면 너무 힘들지 않겠느냐는 의견도 있었다고도 합니다. 암튼 유전체학회에서는 처음으로 산뜻한 시도를 했고 성공한듯 보였습니다.  

이번 NGS 교육은 EBI에서 온 두 명의 강사분들에 의해 이론과 실습을 통해 이루어졌습니다. 이번 교육은 용평에서 한번 서울대로 장소를 옮겨 총 2회에 걸쳐서 이루어지는데 용평학회에서는 velvet(http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/) 이라는 sequence asssembler를 이용해서 reference genome에 매핑하는 방법과 학회가 끝난 후에는 서울대로 장소를 옮겨 마찬가지로 velvet을 이용한 denove assemble 방법과 EBI의 Ensemlb API를 이용해서 annotation하는 방법에 대한 강의가 이루어질 예정입니다. (이글을 쓰는 지금 이미 진행중에 있습니다 -.-;;) 강의는 virtual box에 미리 velvet과 기타 필요한 프로그램을 셋팅한 이미지를 다운받아 리눅스 기반으로 이루어졌으며, 예제 데이터는 별도로 제공되어 virtualbox에 shared folder를 통해 사용하는 방식으로 이루어졌는데, 생각보다 virtual box를 설정하고 예제 데이터를 sharing하는데에 시간이 오래 걸렸네요. -.-;;

강사분이 프리젠테이션을 하면 그에 대해 한국어로 친절히 설명하고 실습을 하는 방식으로 저같이 한국말만 잘 알아듣는 사람은 좀 더 수월하게 교육에 임할 수 있었습니다. 다만 아쉬운점은 한국인 강사 의해서 강의가 진행되었더라면 하는 아쉬움과 좀 더 bioinformatics나 컴퓨터를 잘 하시는분들외에 실험하시는분들도 좀 더 손쉽게 분석할 수 있도록 교육내용이 짜여졌다면 어떨까 하는 생각도 해봤습니다. 전반적으로 재미있는 교육중입니다. ^^;;


2. 유전체연구 Open/Public을 말하다 - Korea Personal Genome Project

이 부분은 현재 국외에서 이루어지고 있는 personal genome 프로젝트의 현황과 게놈연구재단에서 수행중인 한국인에 대한 personal genome 프로젝트에 대한 내용이었습니다. 기본적으로 데이터는 공개와 공유를 기반으로 하고 있다는 점과 이러한 공개/공유야 말로 더 많은 시너지를 얻을 수 있다고 말하고 있습니다.


3. 유전체사업에 뛰어든 삼성 - 삼성 SDS의 사업 모델


학회의 맨 마지막 세션으로 진행된 삼성SDS의 발표는 다른 발표와는 달리 마지막이라는 점에서 시간에 구애 받지 않고 발표가 이루어졌습니다. 우선 삼성SDS는 다음의 세 가지를 핵심 역량으로 유전체사업에 뛰어 든다고 말하고 있습니다. 첫째는 글로벌 데이터센터입니다. 두번째는 클라우드 컴퓨팅 기술로 이는 미국의 Cludera사의 고객사 중 하나가 삼성SDS라는 것만 봐도 짐작할 수 있습니다. 마지막으로 세번째는 그동안 국내에서의 삼성SDS의 맞춤기반 IT서비스 노하우를 핵심 역량으로 이야기했습니다.

삼성SDS는 이미 가족유전자분석 프로젝트나 암 유전자 마커와 같은 프로젝트를 수행한 경험을 가지고 있으며, 이를 통해 실제 진단과 치료에 어떻게? 실제 병원에 쓰일지를 고민하고 있으며, 삼성병원을 통해 유전자진단 서비스를 제공할 예정이라고 합니다. 즉 시퀀싱 서비스는 2012년부터 삼성병원에서 수행하고 이를 뒷단에서 지원하는 형식으로 서비스를 시작할 것이라고 합니다. 또한 삼성SDS는 NGS 데이터 분석 서비스도 2011년 4월부터 파일럿 서비스를 시행하기 위해 2월부터 대상자를 모집하고  6월부터 상업적으로 서비스를 할 예정이라고 합니다. 실제 이날 삼성SDS는 이 서비스에 대한 데모 서비스를 보여줬는데요 웹기반으로 분석서비를 선택하면 해당 가격이 나오고 각종 리포트를 보여주는 서비스를 시연해 보였습니다.


4. 국가위의 향후 유전체 분야의 중장기 투자 계획

국가과학기술위원회에서는 유전체 분야의 중장기 투자에 대한 보고서를 작성하기 위한 포럼 열렸는데요. 이에 앞서 각 부처의 유전체 연구를 수행하는 기관의 기관장들이 각 기관의 연구 현황과에 대한 이야기가 먼저 있었습니다 (국립보건연구원 유전체센터(보건복지부), 국립암센터(보건복지부), 국립농업과학원(농촌진흥청), 한국생명공학연구원). 각 기관의 연구현황은 각 기관의 홈페이지등에서도 쉽게 볼 수 있으니 자세한 언급은 생략하도록하겠습니다. 인상적인것은 한국생명공학연구원의 국가유전체연구의 현황 및 문제점이라는 슬라이드였는데요. 


1) 향후 1-2년 내 정부유전체 투가 감소할 것이라는 전망
2)국가 차원의 전략없이 부처 개별적으로 기획/운영이 이루어지고 있다
3)정부 주도 영역보다 민간이 주도 해야할 영역에 많은 국가의 투자가 이루어지고 있다
4)국제컨소시엄 소외와 전문인력 양성 지원사업의 부재를 현재 국내 유전체연구의 현황으로 이야기하고 있는데, 정말 누구나다 알지만 아직 해결되지 않는 문제죠.


이어서 참석자들의 중장기 투자 계획에 대한 의견을 듣는 자리에서의 주요 의견으로 
1)기술중심적 사업 보다는 목적지향적인 방향성을 가지고 중장기계획 필요
2)질병예측프로그램도 중요하며, 회사들이 산업적으로 재투자를 받을 수 없다면 한계가 있으며 이는 법적인 제한을 풀어 산업적으로 발전할 수 있도록 해야 한다.
3)각부처의 연결고리 강화 등등등의 의견이 있었습니다.

이상으로 이번 동계 한국유전체학회에 대한 요약이었습니다.

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