요즘 유럽이 장출혈성 대장균 (EHEC, enterohemorrhagic E. coli)으로 인해 떠들썩하다. 대장균(colon bacterium, 학명은 Escherichia coil,Escherichia속 세균의 1종)은 사람이나 동물의 장 속에 사는 세균으로 특히 대장에 많이 존재하기 때문에 대장균이라고 불리운다. 질병관리본부 국립보건연구원 감염병센터(7과)의 장내세균과에서 이러한 장출혈성 대장균에 대한 연구가 이루어지고 있다.

"중국 BGI에서는 이 장출혈성 대장균이 서로 다른 2종의 박테리아가 결합된 변종으로 치명적인 유전자를 갖고 있다고 밝혔다. STEC(시가 톡신 생성 대장균, Shiga toxin producing Escherichia coli)로 불리는 변종으로 판명된 이 박테리아는 중앙아프리카공화국에서만 발견된 장응접성대장균(Enteroadherent E. coli, EAEC)와 염기서열이 93% 일치하며 장출혈성대장균(EHEC)의 염기서열의 특성도 갖고 있다고 말하고 있다. STEC는 아미노글로코시드 계, 매크로라이드 계, 베타락탐 계 등의 항생제에 내성이 있는 유전자를 포함하고 있어 치료가 더욱 어려운 것으로 분석되고 있다. " - 국내 기사들 참고

이러한 보고가 나온 것은 독일 함부르크대학과 공동으로 BGI가 이 박테리아의 염기서열을 해독했기 때문으로 high-throughput 기술 (NGS)과 Bioinformaics가 공공보건(public health)에 기여한 결과이다. 그리고 마지막으로 바로 클라우드 컴퓨팅의 도움이 있었기 때문이다.

2011년 5월 21일
독일에서 장출혈성 대장균(EHEC)으로 첫 사망자 발생

2011년 6월 2일
BGI에서 IonTorrent라는 NGS 장비(5개의 chip 사용? 5 run?)로 시퀀싱 데이터 생산하고 이를 ftp에 공개



시퀀싱 Read File


2011년 6월 2일 몇 시간 후
Nick Loman(@pathogenomenick)이 MIRA라는 de novo assembly 프로그램을 통해 완전한 염기 서열을 발표 (assebled)


최종 서열 정보